Igreja de Nossa Senhora da Encarnação / Igreja Paroquial da Ameixoeira

Em 1276 foi construída uma ermida de invocação a Nossa Senhora do Funchal e nessa ermida foi colocada uma imagem que apareceu no local, tendo-se instituído a Confraria de Nossa Senhora da Encarnação do Funchal.

Em 1500 no local da antiga ermida já havia uma outra capela, pois a antiga havia sido destruída por um incêndio. Em 1504 existia junto a capela uma albergaria e um hospital para os peregrinos e em 1535 o Papa concede uma "Breve", para que o padre pudesse administrar os sacramentos e levantar a pia baptismal. No entanto, foi a 6 de Junho de 1536 que se deu a criação da paróquia de Nossa Senhora da Encarnação da Ameixoeira, sendo edificada a igreja com essa invocação no local da antiga capela. A antiga capelinha é desanexada da Igreja Matriz do Lumiar e do Convento de Odivelas; o padre passa a usar o título de Cura.

Em 1539 o Papa concede uma nova bula, mandada cumprir pelo Cardeal D. Henrique e em 1541 o Papa Paulo III determina que a Confraria de Nossa Senhora da Encarnação da Ameixoeira passa a ter "a obrigação de no dia 24 de Junho, dia de São João Baptista, entregar um Cirio à Igreja do Lumiar, ou a importância de 200 réis em dinheiro, como sinal de filiação". Neste ano também foi construído o adro.

Em 1559 Tomás de Barros, Comendador da Ordem de Cristo, manda edificar a capela de Senhor Jesus Crucificado; a capela era administrada por junípero da Cunha d'Eça da Costa, pagando de foros um pote de azeite e 2$500 réis à igreja.

Em 1561 o Cura Sebastião Ribeiro manda fazer o lavabo da sacristia e em 1569 Simão Ferreira dá dez mil réis para comprar o sino e mais dois mil para se acentar no campanário que mandou fazer.

Em 1573 o Arcebispo de Lisboa, D. Jorge, assina novo compromisso com a Confraria e em 1589 dá-se a edificação da Capela do Santíssimo Sacramento pelo fidalgo Manoel Vieira da Maia. Já em 1593, a Confraria passa a chamar-se de Nossa Senhora da Encarnação da Ameixoeira e em 1621 é concedida "Breve de Indulgências Perpéctuas" à Confraria, pelo Papa Gregório XV.

Em 1664 dá-se a ampliação ou mesmo reedificação da primitiva igreja, por alvará régio de D. Afonso VI, confinando o pagamento das obras nas Décimas que então pagavam os moradores da freguesia, sendo para isso encarregado o Desembargador Fernando de Matos Carvalhosa, Chanceler-mor do reino e Juiz da Confraria e em 1681 por alvará de D. Pedro II, ainda regente, foi concedida a autorização ao Juiz da Confraria, o Desembargador Luiz de Foios de Souza, para fazer as obras do arco cruzeiro, retábulos colaterais e capela-mor.

Data de 16 de Março de 1682 a carta do Governador, confirmando a doação pelos Condes do Vimioso, das terras para ampliação da capela-mor e adro, que haviam pertencido anteriormente a António Serrão e a D. Catarina da Maia e em 1682 / 1685 fazem-se grandes obras responsáveis, nomeadamente, pela edificação da capela-mor que ainda hoje se pode observar.

Em 1688 realiza-se a colocação de azulejos na nave; é a custa do Desembargador Gonçalo Mendes de Brito, que foi feito o retábulo-mor.

Em 1690 / 1695, o Juiz da Confraria o Dr. Mendo de Foios Pereira, Secretário de Estado de D. Pedro II, manda revestir as paredes da capela-mor com talha semelhante à da tribuna; a madeira veio de Cascais .

Em 1718 é eleito Juiz, António Sanches de Noronha; são feitas diversas obras na igreja, nomeadamente no telhado, é aberto um óculo na empena, são colocados azulejos e são pintados os tectos.

Em 1755 o terramoto de 1 de Novembro causa significativos danos na igreja, derrubando a fachada principal e causando estragos diversos no resto da igreja; reconstrução da igreja a expensas do Reverendo José Nunes Vieira.

Data de 13 de Abril de 1758 a carta respondendo ao interrogatório enviado ao Padre Joseph Nunes Vieira, dando conta que "... na Igreja ha cinco altares; o mayor aonde está o Sacrário com o Santíssimo Sacramento; e por sima mais afastado para trás se ve colocada a imagem milagroza de N. Sra. da Encarnação; dous altares colateraes: o da parte do Evangelho colicado a Nossa Senhora da Roza; o da Epistola ao Princepe dos Apostolos São Pedro; no corpo da Igreja estão duas capellas; a da parte do Evangelho dedicada a Nossa Senhora da Piedade; a da parte da Epístola ao S.or Jesus Crucificado, e he funda: estas duas capellas tem Ademenistradores seculares.".

Em 1760 como atesta data epigrafada no portal principal, ficaram concluídas as obras de da fachada e da torre; foi pintada a cobertura da capela-mor e os retábulos colaterais foram colocados em cantoneira.

Em 1777 os padres da igreja passam a usar novamente o título de Curas.

Em 1818 é nomeado Cura da paróquia José de Araújo e Almeida; construção do cemitério nas traseiras da igreja e em 1819 concluí-se o cemitério.

Em 1831 o rei D. Miguel confirma a fusão das Irmandades de Nossa Senhora da Encarnação e do Santíssimo; existiam também as Irmandades do Nome de Jesus das Almas e a de Nossa Senhora do Rosário.

Em 1909 são feitas obras na igreja, a mando do Prior Francisco Paula da Fonseca, sendo retiradas parte das ossadas que lá se encontravam e postas aleatóriamente no cemitério e em 1914 é derrubado o cruzeiro do adro e roubada a cruz de cobre da porta do cemitério;

Em 1972, o cemitério é desactivado e construído o salão paroquial e casa mortuária, no local onde este se encontrava, por iniciativa po padre José Paixão Damásio e do Dr. Francisco Trancoso. Em 1992 fazem-se obras de beneficiação e restauro do exterior e interior, pelo custo de 19 048 000$00 escudos e mais tarde é inaugurado o novo carrilhão, que havia custado 3 500 000$00 escudos, pagos pelos fiéis e por emigrantes na Suiça.